严格地说，海关和检验检疫工作属于国际贸易供应链的一段。在目前RFID很难覆盖整条供应链的情况下，海关和检验检疫领域仍然有很多“短链”应用的机会。
近年来，海关总署在贯彻国务院“大通关”战略中取得了显著成效。各地海关着力于加快应用现代化科技手段，努力构筑新型的便捷通关模式，在进出口环节做好管理和服务。通过建设“电子海关”、“电子口岸”，海关正积极探索与现代物流相融合，与国际惯例相衔接的海关监管新思路、新模式、新手段，以支持、促进对外贸易健康发展，促进中国国际贸易和国际物流产业的进一步发展。
在海关监管和通关模式的探索中，RFID技术可以起到非常关键的作用。在海关推行的多元化保税仓储物流监管体系和“多点报关，异地验放”的模式下，RFID可以作为物流监管以及数字化随附单据的技术手段，建立不同口岸间点对点的“短链”应用。具体地说，RFID在海关监管的应用可从以下方面起步：
进出口货物的转关运输监管
“转关运输”是指海关为加速口岸进出口货物的疏运，方便收、发货人办理海关手续，依照有关法律规定，允许海关监管的货物由关境内设关地点转运到另一设关地点办理进出口海关手续的行为。“转关运输货物”是海关监管货物，其在整个转关运输过程中处于海关的严密监控下。对海关物流的监控，世界各国海关都在尝试应用RFID记录货物数据，并对集装箱进行施封，在异地进行读取、验放。
目前，各国海关试用的电子关锁具有成本高、可靠性差以及维护投入大等情况，同时不能与主流RFID技术兼容。国内已经有公司在开发一次性集装箱电子签封，其上附有通用的第二代EPC标签，解决了可靠性、成本和读写设备通用化方面的问题。据测算，此种电子签封成本大约4~8元。
