我国电子政务的关键问题在于“深入应用”，或者说我国电子政务已经度过了建设期，正在向应用期过渡，向应用要效益。
从这个角度来看，必须做好各个部门的电子政务深入应用与管理创新，同时必须要做好协同政务，通过协同政务挖掘电子政务的最大潜力。
协同核心目标是效率。但这里所指的效率，不再是单个个体效率，而追求的是整体效率，分工的目的是追求单个效率来实现整体效率。而协同直接追求的是整体效率，尽量弥补因分工可能导致效率的损失。从追求个体效率(部门信息化)到追求整体效率(协同政务)，是电子政务发展的必经阶段。
如今应用较多的协同办公只是协同政务的一个基础层面——业务操作层面，而协同政务则通常包括制度协同、技术协同、流程协同和资源协同等几个方面。制度协同就是从制度设计层面促进两个或多个独立的部门之间进行高效的业务操作。技术协同主要是指从信息技术应用角度，保证两个信息系统能够进行安全、快捷的信息交流，流程协同主要是指在业务处理的逻辑上能够遵循高效、便捷、有效性原则，现在，国家各大部委正在努力实现互联互通和业务协作，但总的来看，我国政务协同刚刚起步，还处在探索和应用过程中。部分领域，例如商品进出口管理，就出现比较好的协同现象。国际上协同应用最明显的案例，是美国军队，不同兵种、武器和指挥系统在伊拉克战争中取得明显效果。
协同政务的一个重要的趋势，就是能够提供更多方便的、易用的、创新的服务。所以协同政务将在监管型政府转向服务型政务中扮演非常重要的、甚至是关键的角色。可以说，在当前的信息化环境中，没有协同政务，就没有良好的、高效的政府服务。
实现“协同政务”的普遍应用，要从三个方面着手努力。首先是制度层面的协同，其次是面向用户的应用创新，最后是项目应用和示范作用。其中关键要解决好几个问题：
第一，坚持需求带动，就是建立以需求为导向的协同机制。判断协同政务是否成功，必须以用户的需求为标尺。所有的制度、技术、流程和资源应该向用户倾斜，资源向谁集中，流程是否合理，都是以最大满足用户需求为目的。例如在内网和外网的协同上，就要让内网日益向外网倾斜。做内网的目的是为了更好地对外服务，外网则直接对外服务，所以要内网向外网来协同，通过外网与其他政府部门网站建立协同关系。当然这里的用户是一个非常广义的概念，包括政府本身。
第二，通过项目建设与管理创新来实现局部协同。协同政务的道路非常漫长，不能幻想通过什么强有力的制度安排、通过明确的规划，以及通过功能强大的软硬件就可以解决。协同政务其实就是一场组织革命，因此要渐变。渐变的主要方式就是通过项目来带动，来突破。即通过不同领域、环节、地区和部门的项目实施来实现协同。
第三，高度重视制度层面的协调与协同。协同的最终实现，表现在制度层面协同，组织的融合，从协同到组织融合，这段路非常漫长。但政府部门之间协同，与企业之间有很大差异，没有经济利益激励，甚至还带来权利损失的威胁。虽然一些政府部门已经认识到协同政务的必然趋势，但是一旦涉及自身利益的时候，就会采取各种各样的抵制手段，而这些措施职能在更高的层面才能实现，一是上级部门，二是新制度安排。
协同政务没有终点，只有不断的深入。因此，作为业主单位的政府一定要在项目建设中树立服务思想和合作理念，坚持系统开发。其次就是要善于利用外包方式，通过第三方来完成项目的建设和运营。再次就是要积极学习和吸取电子政务建设中经验和教训，特别国外那些成功实现协同政务的经验。当然在这个过程，与合作方一定要坦诚以待，高风亮节，不要过多维护自身固有的部门利益。
2005年，电子政务面临着发展机遇，但不一定是“跨越性”的。展望未来，协同政务毫无疑问是电子政务发展的主要趋势，而且随着行政体制改革、电子政务的推进、“十一五”规划的出台，特别是一些成功案例的示范效应，我国电子政务的效益越用越明显。
