赛迪顾问股份有限公司在日前公布的《2004年中国政府网站绩效评估报告》中指出，我国政府门户网站目前存在的主要问题是：
1.网站定位不科学，政府网站与电子政务发展相脱节
例如，有的地方将政府门户网站做成了一张“报纸”，发布大量新闻，包括从商业网站上转载来的社会性和娱乐性新闻；还有的政府门户网站做成了政府机构的“宣传栏”，主要围绕政府机构和当地社会进行宣传；大量的政府门户网站将本地政府领导作为最主要服务对象。
归根到底，问题在于没有认真思考我国电子政务发展的目标，没有将政府门户网站与电子政务发展统筹考虑，更没有思考“门户”的涵义，只是就政府网站而做政府网站。网站的定位不科学，不仅影响到政府门户网站自身的可持续发展，更将影响到电子政务的深入应用，影响到对信息资源的利用能力。
2.“政府中心”痕迹严重，“用户中心”意识没有树立
各级政府门户网站“政府中心”的痕迹依然很重，“以用户为中心”的意识还没有建立。
据评估统计，能够基本做到按用户进行服务分类的地级和县级政府门户分别占同级门户网站的8.7％和3.2％，而基本按照政府部门进行服务分类的两级门户比例分别高达48.1％和50.4％。
3.政务公开内容狭窄
由于我国许多地区缺乏相关法规作为政务公开的依据，使得政府门户网站的政务公开内容不够深入，主要集中在基本的政务信息领域，在机构设置、领导分工、人事任免、政策法规等方面，政务公开程度相对较高，对公众最需要了解到的政府决策信息和办事类信息则远远不够。
4.用户针对性不强，网站服务不实用
评估发现，大量的门户网站服务内容杂乱无章，超过90％的政府门户上的主要服务内容没有明确的用户指向，使得用户获取网上服务较为困难。
5.网站栏目复杂，页面布局不科学，不便于用户使用
我国政府门户网站栏目设计普遍复杂，频道和栏目名称的含义模糊，栏目之间往往纵横交错，内容重叠。首页内容琳琅满目，两三个页面也难以呈现出全部内容，但背后却“囊中羞涩”，服务内容非常贫瘠。
6.门户网站与部门网站内容整合度差，二者相互脱节
许多政府门户网站内容匮乏和信息更新慢，根源在于门户网站与部门网站之间的脱节。很多门户网站的内容来自于维护人员逐一去各部门网站搜寻，经常出现内容缺失和更新不及时情况，门户与部门网站之间并没有形成有效的协同机制，各部门信息资源无法得到有效整合。也就是说，这些政府门户网站并没有发挥“门户”的作用。
